Département INFORMATIQUE
RezUFR, UFR sciences, Université Montpellier II

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Master

Mention : Informatique, Mathématiques, Statistiques

Spécialité : Informatique pour les Sciences

Sous-Spécialité : Bioinformatique

Contacts

Marie-Paule Lefranc (Biologie)
Isabelle Mougenot (Informatique)
Vincent Berry (Informatique)

A Noter

Ouverture de la première année du master (M1 - équivalent de la Maîtrise) en septembre 2004
Attention : la deuxième annèe (M2 - équivalent du DESS) n'ouvrira qu'en septembre 2005

Description

Le master professionnel "Bioinformatique" s'adresse à des étudiants ayant une formation initiale dans les sciences du vivant (notamment filières Biologie Santé (BS) et Biologie, Géosciences, Agroressources, Environnement (BGAE) pour ce qui concerne l'Université Montpellier II). Le master est une évolution logique du DESS "Bioinformatique" (ouvert depuis 2001) dans le contexte de la réforme européenne des universités. La formation est maintenant proposée sur deux ans, avec l'enseignement de fondamentaux en biologie et en informatique en Master 1ère Année et une orientation plus clairement bioinformatique en Master 2ème Année. La formation comprend en outre un projet tutoré et deux stages (un en biologie la première année, un en bioinformatique la seconde année) pour donner à l'étudiant le savoir-faire nécessaire à son futur métier.

Débouchés

Les activités professionnelles d'un bioinformaticien peuvent être multiples et variées. De manière générale, le bioinformaticien se doit d'être à l'interface entre les biologistes et les informaticiens et d'avoir les compétences nécessaires pour mener des projets pluri-disciplinaires. Il/elle va ainsi pouvoir mettre en place des solutions informatiques pour l'analyse et l'exploitation de données biologiques dans des domaines en plein essor tels que la génomique ou la protéomique par exemple. Enfin, le bioinformaticien peut exercer sa profession dans les entreprises du secteur privé (start-up en biotechnologie, sociétés pharmaceutiques, ...) comme dans les organismes du service public (Universités, CNRS, CIRAD, IRD, INRA, INSERM, ...).

Objectifs pédagogiques

La réforme LMD apporte une dimension nouvelle à la proposition initiale de formation en bioinformatique. En effet, le master Bioinformatique est partie prenante dans des offres plus générales (en informatique comme en biologie) et offre ainsi la possibilité à l'étudiant de mieux s'orienter en fonction de ses aspirations. En outre, les deux années de formation (une initialement) vont permettre une meilleure assimilation des fondamentaux des deux disciplines originelles. Les déclinaisons possibles sont présentées ci-dessous. Le master Informatique pour les Sciences (responsable Thérèse Libourel) se compose de trois sous-spécialités : Les étudiants venant des sciences du vivant qui souhaitent se reconvertir en informatique, auront ainsi la possibilité de s'orienter vers un parcours plus clairement informatique (informatique appliquée aux organisations) et pourront renforcer leur compétence initiale par une solide connaissance des éléments essentiels de l'informatique en termes de : Les étudiants pourront décider d'une orientation plus clairement bioinformatique avec les modules disciplinaires en bioinformatique et une parité des modules fondamentaux en biologie et en informatique ou plus clairement informatique avec le choix de modules de renforcement appropriés en informatique. Les étudiants qui choisiront la voie de la bioinformatique, pourront en outre donner une coloration "biologique" différente à leur cursus : Les différentes déclinaisons sont proposées pour le semestre 1 sous forme de pavés colorés présentés ci-dessous


Déclinaison PHYSIOLOGIE (BS)
Semestre1 Architecture
Système
Réseau
ULIN302 		Algorithmique
Programmation Objet
Complexité
UMINS101 		Système d'Information
BD (niv. 1)
UMINS102 		Biologie Cellulaire Génomique Fonctionnelle Pharmacologie
Déclinaison BGAE
Semestre1 Architecture
Système
Réseau
ULIN302 		Algorithmique
Programmation Objet
Complexité
UMINS101 		Système d'Information
BD (niv. 1)
UMINS102 		Ingénierie des systèmes d'acquisition massive des données bio. Génomique Fonctionnelle Génétique des Populations
Déclinaison Biochimie (BS)
Semestre1 Architecture
Système
Réseau
ULIN302 		Algorithmique
Programmation Objet
Complexité
UMINS101 		Système d'Information
BD (niv. 1)
UMINS102 		Biologie Cellulaire Génomique Fonctionnelle Physico-chimie des systèmes biologiques

Conditions d'accès

M1 : Licence des Sciences du Vivant
M2 : M1 de Bioinformatique

Effectifs attendus

Synopsis général

M1

 400h enseignement et 150 h stage
Semestre 1
  • 6 modules fondamentaux (3 Informatique, 3 Biologie)
    1 module = 48/50 heures présentielles et 5 ECTS.
    Total : 300 heures et 30 ECTS
Semestre 2
  • 1 projet tutoré Informatique 5 ECTS
  • 1 module Biologie
    1 module = 48/50 heures présentielles  et 5 ECTS.
    Total : 100 heures et 10 ECTS
    • Stage Biologie (3 mois) 15 ECTS
M2 350h enseignement, 200h stage
Semestre 3
  • 1 module fondamental Informatique
    1 module = 48/50 heures présentielles  et 5 ECTS.
  • 2 modules Biologie
    1 module = 48/50 heures présentielles  et 5 ECTS.
    Total : 150 heures et 15 ECTS
  • 3 modules Bioinformatique
    1 module = 25 heures présentielles  et 2.5 ECTS.
    Total : 225 heures et 22.5 ECTS
Semestre 4
  • 5 modules Bioinformatique
    1 module = 25 heures présentielles  et 2.5 ECTS.
    Total : 125 heures et 12.5 ECTS
  • Stage Bioinformatique (5 mois) 20 ECTS

     Modules obligatoires de Biologie ou d'Informatique, le seul choix porte sur la coloration biologique à donner (blocs de trois modules)
     Module à choisir parmi les offres des spécialités BS et BGAE
     Modules obligatoires de Bioinformatique
     Stage Biologie ou Bioinformatique (organisme publique ou privé)

Organisation et liste des modules du premier semestre de M1

   Les UE du premier semestre de la première année du master comptent 48 ou 50 heures présentielles en fonction des disciplines et
valent 5 ECTS chacun.

Total de 30 ECTS

Organisation et liste des modules du second semestre de M1

Le second semestre est à la fois moins fortement contraint que le premier semestre plus orienté vers la pratique. L'étudiant aura à choisir un module de biologie parmi l'ensemble des offres faites par les départements BS et BGAE. Les acquis en informatique seront mis en pratique au travers d'un projet informatique tutoré. Enfin, l'étudiant sera confronté à la vie quotidienne d'un laboratoire de biologie et à ses contingences lors du stage court. Les UE du second semestre de la première année du master comptent également 48 ou 50 heures présentielles en fonction des disciplines et
valent 5 ECTS chacun.
Total de 20 ECTS

Organisation et liste des modules du premier semestre de M2

A la différence des UE d'Informatique et de Biologie, les UE de Bioinformatique comprennent dans leur grande majorité 25 heures et 2.5 ECTS. Total de 32.5 ECTS

Organisation et liste des modules du second semestre de M2

Total de 25 ECTS

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département INFORMATIQUE dernière modification le 15 juillet 2004
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