Département INFORMATIQUE
RezUFR, UFR sciences, Université Montpellier II

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Module : Analyse de séquences CODE UMINS303

Responsable	Isabelle Mougenot
Parcours intégrant UV	Master PRO Informatique pour les sciences
Parcours possibles
Pré-Requis	Aucun
Controle connaissances	2,5 Projet noté

Description de l'UE :

Semestre	Code	Intitulé	Cours	TD	TP	TER
S3	UMINS303	Analyse de séquences	7h	7,5h	10,5h

Detail du programme

Objectifs :
Contenu :

 

 

 

 

Alignements simples et multiples, recherche de gènes et de signaux, comparaison de séquences

Banques de données, systèmes Entrez et SRS

Comparaison de séquences :

 

 

1. dot-plot et alignement simple

 

 

1. matrices de score,

 

 

2. opérations d'édition,

 

 

3. outils existants

 

 

2. alignement multiple

 

 

1. approches (dendrogramme pour guider l'alignement, etc.)

 

 

2. outils existants

 

 

3. recherche de similarité

 

 

1. heuristiques

 

 

2. outils Blast et Fasta

 

 

3. recherche de similarité

 

 

4. recherche de motifs

 

 

1. notion de motifs et patterns

 

 

2. expression régulière

 

 

 

 

Le projet noté portera sur la totalité des connaissances et consistera en une analyse complète d'un problème biologique identifé.

 

 

Mots clefs Bioinformatique, algorithmique, comparaison de séquences, alignements simple et multiple, recherche de similarité, recherche de motifs

 

 

 

 

 

 

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servi par